Josephson-effekten førte til opfindelsen af de såkaldte SQUIDs. Hvis to Josephsondioder parallelforbindes i en lukket kreds vil de elektroner, der tunnelerer gennem dioderne interferere. Den resulterende superstrøm afhænger stærkt af styrken af magnetfeltet gennem kredsen, som derfor kan registrere meget små ændringer i feltstyrken, helt ned til ca. 1 fT (10-15 T), hvilket er tilstrækkeligt til at måle magnetfelter i hjernen. Magnetfeltet fra hjertet er på 50.000 fT. Til sammenligning er Jordens magnetfelt ca. 50 µT.
Foruden de biomagnetiske anvendelser benytter geofysikerne SQUID til målinger af Jordens magnetfelt bl.a. ved efterforskning af olie, forudsigelser af jordskælv og geotermisk energi.
SQUID benyttes i stigende grad til at undersøge stoffers magnetiske egenskaber, idet de kan måle på områder af størrelsesordenen mikrometer.